1933年，由胡先驌、辛树炽、李继侗、张景钺、钱崇澍、陈焕镛、林熔等19人发起，于1933年在重庆北碚成立，除台湾省、香港和澳门行政特区外，全国31个省、市、自治区均成立了植物学会。1934年至1937年，抗日战争爆发前有相当多的学术活动，之后的13年里学会活动减少。1949年7月，在北京举行第五届植物学会年会，会员发展到500余人。1951年3月，经中央人民政府内务部核准登记。1966年至1977年停止活动。1978年恢复活动，在昆明举行了植物学会45周年年会，组成第八届理事会。学会会址设在北京，历届理事长为：胡先驌、陈焕镛、戴芳澜、张景钺、钱崇澍、汤佩松、王伏雄、张新时、匡廷云、韩兴国、洪德元，种康，目前为第十六届理事会。