1963年，在中国地质学会主持召开的第一届全国矿物岩石地球化学学术讨论会期间，由侯德封、涂光炽、李璞、司幼东、程裕淇、徐克勤等发起成立本学会。1965年经中国科协同意筹备。后因故终止。1978年4月，经国务院、中国科协和中国科学院批准恢复筹备，同年10月18日在贵阳成立。第一届理事会成员49人，涂光炽当选为第一届理事会理事长。副理事长为程裕淇、徐克勤、叶连俊、康永孚，秘书长为柴云山。学会1978年加入中国科协。学会会址设在贵州省贵阳市，历届理事长为：涂光炽、欧阳自远、刘丛强、胡瑞忠，目前为第九届理事会。