由陈宗器、顾功叙、王之卓、翁文波四位科学家自1947年2月发起，同年8月在上海正式成立，后迁至北京。首届理事会成员：王之卓、李善邦、顾功叙、翁文波、陈宗器、方俊、王子昌、傅承义、赵仁寿，陈宗器为理事长。1948年召开首届年会，改选赵九章为理事长。1957年2月在北京召开了第一届会员代表大会，选举赵九章为理事长。1987年学会改革了单一挂靠体制，实行“多单位支持”，目前主要支持单位为中国科学院、中国地震局、国土资源部、中国石油天然气集团有限公司、中国石油化工集团公司、中国海洋石油集团有限公司、中国煤炭地质总局、中国冶金地质总局。学会办公地点设在北京，历届理事长为：陈宗器、赵九章、顾功叙、翁文波、刘光鼎、王水、陈颙，目前为第十届理事会，理事长为陈晓非。