原名为中国麋鹿基金会，由中国动物学会、中国植物学会、中国环境科学学会和中国自然科学博物馆学会发起，经中国科协、中国人民银行批准，于1985年5月成立，首任会长为吕正操，名誉会长为包尔汉、钱昌照；1992年经中国人民银行和民政部复审核准，获发《中华人民共和国社会团体登记证书》；1997年更名为中国生物多样性保护基金会；2010年更名为中国生物多样性保护与绿色发展基金会。基金会会址设在北京，历届理事长（会长）为：吕正操、张健民、胡昭广、胡德平，目前为第四届理事会。