2004年，时任解放军总医院院长、后任解放军总后勤部原副部长的秦银河教授提出了要在中国创立研究型医院的概念并在解放军总医院进行了理论和实践的探索。2013年4月21日，学会在北京召开了成立大会，并通过了《中国研究型医院学会章程（草案）》，选举产生了中国研究型医院学会第一届理事会。王发强当选首届会长，刘希华担任副会长兼秘书长。业务主管单位为民政部，2015年7月加入中国科协。学会会址设在北京，目前为第一届理事会。