党的十八届三中全会以来，随着科技体制改革的不断深化，在实施创新驱动发展战略，科技领域“放管服”改革，下放科研自主权，促进科技成果转化的大背景下，为提升水利行业产业发展质量，为与国家和省经济社会发展相适应，由昆明理工大学、红河州科技局、红河州水利局、云南省红河州水利水电勘察设计研究院和红河州水利水电工程地质勘察咨询规划研究院共同发起成立了滇南水安全与水科学协同创新研究院（以下简称“研究院”）。 2021年12月6日云南省科学技术厅发布了《云南省科技厅关于公布2021年云南省新型研发机构培育对象名单的通知》将滇南水安全与水科学协同创新研究院正式列为云南省首批20家新型研发机构培育对象，正式纳入省级培育库进行孵化培育和重点建设。 2021年12月28日由《中共红河州委机构编制委员会办公室关于红河州水利水电工程地质勘察咨询规划研究院加挂牌子的批复》（红编办〔2021〕146号）批复同意在红河州水利水电工程地质勘察咨询规划研究院加挂滇南水安全与水科学协同创新研究院(高原湖泊研究中心、三海水资源配置研究中心)牌子。 本研究院致力于研究支撑水利行业发展的重大问题，以滇南地区水安全与水科学的长远性、全局性需求及要求，汇聚水利行业的优秀人才，科研成果等创新资源，以协同创新为纽带，以产学研转化为重点，主动开展云南水利行业的自主创新和拔尖人才培养，为保障国家的水安全、解决水问题做出贡献，乃至为国家水利行业协同创新、水科学研究和成果转化提供改革途径和模式。