中国的病理生理学科创建于20世纪50年代，1961年9月在上海市召开了中国第一届病理生理学学术讨论会并成立了中国生理科学会病理生理专业委员会筹备委员会。1980年，改称中国生理科学会病理生理学会。经过多年的不懈努力，1985年5月23日中国科协正式批准中国病理生理学会成为全国性一级学会，同时加入中国科协。中国病理生理学会全国代表大会每5年举行一次，第一届到第三届主任委员为刘永教授（1961年当选），第四届理事长为苏静怡教授（1985年当选），第五届理事长为伍贻经教授（1990年当选），第六届理事长为薛全福教授（1995年当选），第七届及第八届理事长为韩启德院士（2000年当选），第九届理事长为吴立玲教授（2010年当选），第十届理事长是张幼怡教授（2015年当选）。学会会址设在北京，目前为第十届理事会。