据1920年《博医会报》第34（4）期解剖学者增刊记载：1920年2月21—28日，中华医学会和中国博医学会在北京召开第三次大会之际,“中国解剖学会及人类学会”于2月26日在北平协和医学院(PUMC)解剖室正式成立，当时有正式会员49人，名誉会员1人。会议推选E.V.Cowdry教授（当时任协和医学院解剖教研室主任）为理事长。理事会由12人组成（其中6人为中国人），并制定会章13条。（1997年4月23日中国解剖学会第10届4次常务理事会会议决定将此届理事会称为“首届”理事会。）后因时局动荡,学会处于瘫痪状态。1947年6月25日，中国科学社在上海组成中国解剖学会筹委会并召开第一次会议，酝酿成立中国解剖学会。1947年8月31日—9月1日，“中国解剖学会成立大会暨学术年会”在上海举行，会上选出第一届理事会，卢于道任理事长，王友琪任秘书长，会议通过了会章。1951年中国解剖学会由上海迁到北京。1952年9月21—23日，在北京召开中国解剖学会第一届全国会员代表大会，推选马文昭为第二届理事会理事长，张查理为秘书。1966—1977年学会活动停止，1978年恢复学会活动。学会会址设在北京，历届理事长为：V.Cowdry（原籍加拿大）、卢于道、马文昭、臧玉洤、张鋆、吴汝康、薛社普、徐群渊、蔡文琴、李云庆、张绍祥，目前为第十五届理事会。