中国植物营养与肥料学会前身是中国农学会土壤肥料研究会。1978年筹备时为中国农业土壤肥料学会。1982年2月，全国土壤肥料学术讨论会暨中国农学会土壤肥料研究会成立大会在北京举行，选举了陈华癸为理事长，侯光炯、黄瑞采、朱莲青为研究会顾问，叶和才、朱祖祥、张乃凤、陆发熹、沈梓培、杨景尧、姚归耕、高惠民为副理事长，王金平等27人为常务理事，马福祥等78人为理事。1993年9月，经民政部批准登记为一级学会，具备社团法人资格，并更名为“中国植物营养与肥料学会”。2010年11月，被批准成为中国科协的团体会员。学会会址设在北京，历届理事长为：陈华癸、刘更另、林葆、金继运、白由路，目前为第九届理事会。