学会由邹秉文和戴芳澜等发起，1929年在南京成立，第一届理事长为戴芳澜。抗日战争及解放战争期间受战乱影响，停止活动。1949年学会在北京召开第一次复会会议，推选戴芳澜教授为临时理事长，筹备召开新第一届全国代表大会。1953年2月在北京中国科学院召开了第一届全国代表大会，戴芳澜教授当选为理事长。1962年并入中国植物保护学会。1978年，与中国植物保护学会分别作为中国农学会的分会。1985年，由中国科协、国家体改委批准恢复为全国学会，同年加入中国科协。学会会址设在北京，历届理事长为：戴芳澜、俞大绂、裘维蕃、刘仪、曾士迈、彭友良、郭泽建、彭友良，目前为第十届理事会。