在国家密码管理的关心和支持下，由丁石孙、肖国镇、陶仁骥、裴定一等发起，经中国科协、民政部批准成立。2007年3月25日在北京召开第一届全国会员代表大会，选举裴定一担任第一届理事会理事长，冯登国、何大可为副理事长，吴成贵为秘书长。2017年1月，学会成为中国科协团体会员加入中国科协。学会会址设在北京，历届理事长为：裴定一、王杰，目前为第三届理事会。