由国家海洋局海洋咨询中心发起成立，2008年9月经国土资源部批准同意，并向民政部报送了申请报告，2009年7月21日，获得国务院批准，同年8月6日民政部正式批复，2010年1月31日，在北京召开第一次全国会员代表大会暨成立大会。大会选举孙志辉为首届会长，副会长4名，秘书长1名。协会的主管部门为国土资源部，业务指导和具体管理部门为国家海洋局，2015年6月13日，加入中国科协。学会会址设在北京，目前为第二届理事会。