由中国科学院生命科学与生物技术局、中国生物技术发展中心和中国科学院文献情报中心《生物工程进展》编辑部（现名称为《中国生物工程杂志》编辑部）等单位共同发起成立了“中国生物工程学会筹备委员会”。1993年6月7日在北京举行成立大会暨首届学术研讨会，选举谈家桢为第一届理事长。2000年10月，加入中国科协。2005年起，正式挂靠中国科学院微生物研究所。学会会址设在北京，历届理事长为：谈家桢、莽克强、陈竺、杨胜利、欧阳平凯、高福，目前为第六届理事会。