前身为中国昆虫学会广西分会。1958年，在南宁市召开第一次会员代表大会，正式成立中国昆虫学会广西分会，并选举产生了第一届理事会，共5名理事，胡少波为理事长，会员人数共78人。1966年6月后因“文化大革命”停止活动，一切资料全部散失。1978年，学会开始恢复活动。1978年12月20日至25日，在北流县（今北流市）召开第二次会员代表大会暨学术讨论会，出席会议的代表共144人，列席代表31人，选举产生了第二届理事会，理事长胡少波，会员人数共360人。1980年12月5日至10日，在南宁市召开第三次会员代表大会，到会代表158人，收到论文115篇，选举产生了第三届理事会，理事长胡少波，会员人数共480人。1984年8月25日至28日，在柳州市举行第四次会员代表大会，182位会员参加，其中正式代表91人，列席91人，选举产生了第四届理事会，理事长张永强。1988年12月24日至26日，在梧州市召开第五次会员代表大会暨学术讨论会，出席的正式代表61人、列席代表7人。选举产生了第五届理事会，理事长张永强。学会下设有学术委员会、农业昆虫学组、林业昆虫学组、医学昆虫学组、资源昆虫学组、白蚁学组、蜱螨学组，并设有科技咨询服务部、组织部。1994年11月，在宾阳县召开了第六次会员代表大会暨学术讨论会，出席的正式会员代表59人、列席代表12人，选举产生了第六届理事会，理事长奚福生。1998年11月，在南宁市召开了第七次会员代表大会暨学术讨论会，出席的正式会员代表43人、列席代表5人，选举产生了第七届理事会，理事长韦绥概。2002年11月，在南宁市召开了第八次会员代表大会暨学术讨论会，出席的正式会员代表50人、列席代表10人，选举产生了第八届理事会，理事长曾涛。2007年4月，在南宁市召开了第九次会员代表大会暨学术讨论会，出席的正式会员代表52人、列席代表9人，选举产生了第九届理事会，理事长陆温。2015年7月30日，在南宁市召开了第十次会员代表大会，出席的正式代表63人、列席代表10人，选举产生了第十届理事会，理事长陆温。学会下设有学术委员会、组织部和科普部三个工作机构；还设立了农业昆虫、林业昆虫、卫生昆虫、白蚁防治、昆虫及蜱螨分类、动植检、昆虫生态、昆虫毒理和资源昆虫9个专业学科组。