前身为国际晶体学联合会中国委员会，1978年以该名义加入国际晶体学联合会。后由唐有祺、卢嘉锡、范海福、梁敬魁等人发起，1993年3月30日经国家科委批准成立，同年8月19日经民政部批准登记，成立了筹委会。1994年5月31日召开了第一次会员代表大会，2000年10月加入中国科协。首届理事长为唐有祺。学会会址设在北京，历届理事长为：唐有祺、闵乃本、饶子和、林建华、高松、苏晓东，目前为第六届理事会