前身为1980年成立的中国植物学会真菌学会。后由裘维蕃、王云章等发起，1992年经国家科委和中国科协批准，于1993年5月19日—23日在北京举行第一次会员代表大会正式成立学会。首届理事长为魏江春，副理事长为卯晓岚、李玉、李增智、沈崇尧、黄年来、臧穆。2000年10月加入中国科协。学会会址设在北京，历届理事长为：魏江春、李玉、刘杏忠、王成树，目前为第六届理事会。