1986年6月由叶笃正、陶诗言、杨戌、李文华、王云章、朱弘复、魏江春、章申、程鸿、常承法等45位科学家发起成立。1988年12月，经国家科委批准成立，1990年3月14—17日在北京召开第一届全国会员代表大会正式成立并加入中国科协，选举阿沛·阿旺晋美为名誉理事长、刘东生为理事长。研究会原挂靠中国科学院自然资源综合考察委员会，2000年中国科学院自然资源综合考察委员会和中国科学院地理所合并成立中国科学院地理科学与资源研究所，研究会改挂靠单位为中国科学院地理科学与资源研究所。2013年，研究会同时挂靠到中国科学院青藏高原研究所，并在青藏所设立办公室。学会会址设在北京，历届理事长为：刘东生、孙鸿烈、郑度、姚檀栋，目前为第六届理事会。