褚健1989年回国工作以来一直从事自动控制理论前沿学科的研究，提出了时滞系统状态空间建模方法、多滞后鲁棒最优控制策略和时变时滞系统的H∞优化控制方法，并利用这些理论方法解决实际工业问题； 在非线性控制方面，提出了分步变换与分步设计方法以及非线性观测器设计方法；提出了一种关于控制系统分析的鲁棒度指标及鲁棒观测器设计方法； 针对输入或干扰幅值有界控制系统，提出了l1/H2混合优化控制方法，并利用凸二次规划方法求出精确解，这一系列研究成果达到国际先进水平。 共在国内外重要刊物上发表论文210余篇，出版专著和编著3部。 先后作为项目负责人承担国家自然科学基金项目4项，国家 "九·五"重点科技攻关项目（96-749，现场总线控制系统的开发）3400万和国家"十·五"重点科技攻关项目3项，包括6个课题共16个专题，国家教委优秀年轻教师基金3项，国家教委"跨世纪优秀青年人才"专项基金1项，霍英东青年教师基金2项等国家和省部委纵向课题共32项，1997年获国家杰出青年基金，2004年获国家自然科学基金委员会创新研究群体基金。 理论与实践相结合是褚健教授的重要特点。 褚健不仅始终关注并跟踪着当今国际自动化领域的前沿技术，还组织大量青年科技人员进行科技协同攻关，在将理论成果转化为生产力，在产、学、研相结合的探索中走出了一条新路。 在技术开发及产品化方面的主要成果有：开发了具有国际先进水平并填补国内空白的SUPCON JX系列集散控制系统，解决了可靠性的冗余技术，开创了大型自动化装备的国产化新局面，已推广应用4000多套；在国内率先研制出JL系列无纸记录仪；研制了多种现场总线控制技术及智能仪表；开发了综合集成软件（AdvanTrol-PIMS）、优化与先进控制软件包（APC-Suite）等一系列高技术产品，并形成了产业化。 [7] 2018年5月8日，一份公示材料显示，浙大原副校长，中控集团创始人褚健，将获得国家重点研发计划“网络空间安全”重点专项支持，拟立项的中央财政经费为2758万元，项目实施周期为3年