菏泽市林业科学研究院（原名称为菏泽市林业科学研究所）始建于1976年，是山东省五所重点区域性林科所之一。2016年经山东省林业科学研究院批复，成为山东省林业科学研究院菏泽分院。主要职能：开展林业相关理论研究与新技术推广工作；承担林业科学技术的宣传普及和有关林业技术培训工作；加强与山东省林业科学研究院业务协作。