哈尔滨工程大学南海创新发展基地是人才培养和产业技术研究高度融合的实体性组织，是教育部支持海南深化教育改革开放的重点单位，是哈尔滨工程大学建设特色鲜明的世界一流大学的重要组成部分，于2020年7月成立。南海创新发展基地面向国家战略和海南自贸港建设需求，聚国际人才，育国家栋梁，铸国之重器，着力打造深海科学技术人才引培基地、深海科学技术与装备创新实验基地、涉海学科研究生培养实践创新基地。