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本发明提供一种凝胶电泳耦合液相色谱‑质谱联用(LC‑MS/MS)的DNA修饰检测方法，包括以下步骤：通过凝胶电泳法分离待测DNA样品，得到含目标DNA的凝胶条，其中，所述凝胶电泳法中使用的电泳缓冲液不含EDTA；通过凝胶内DNA酶解法将所述凝胶条中的所述目标DNA酶解为单个脱氧核苷/脱氧核苷酸，得到酶解产物；对所述酶解产物进行液相色谱‑质谱联用检测，得到DNA化学修饰(包括表观遗传修饰和DNA损伤加合物)结果。通过本发明的检测方法可精确定量凝胶分离的不同DNA组分中的化学修饰信息。

本发明使用凝胶电泳法对DNA样品进行分离，使得目标DNA在酶解前较好地得到了纯化，并且具有良好的分离产量，凝胶电泳操作也较为简便。并且，进一步地发现，在不含EDTA条件下进行凝胶电泳而得到的含目标DNA的凝胶条适合直接胶内酶解，得到脱氧核苷或脱氧核苷酸以作为LC‑MS/MS检测的样品，可获得较为准确的DNA化学修饰结果。

直接对提取的基因组DNA进行酶解，然后进行质谱分析检测，只能提供全基因组水平或所检测样本整体的DNA修饰丰度信息。样本的分离步骤复杂并且产量低，会导致产物不纯，回收得到的检测样品大多含有非目标DNA残留。同时，在溶液中直接酶解这些分离不彻底的DNA样品，可能会导致质谱检测到的DNA修饰丰度与真实值不符。

本发明提供一种凝胶电泳耦合液相色谱‑质谱联用(LC‑MS/MS)的DNA修饰检测方法，可精确定量凝胶分离的不同DNA组分中的化学修饰信息，应用前景广阔。

实验室现有研究组21个，其中固定人员102人，包括中国科学院院士1人，中国工程院院士1人，美国工程院院士1人，研究员44人（外籍3名），973项目首席科学家5人，国家杰出青年基金获得者11人，优秀青年基金获得者14人，千人计划获得者4人，中国科学院“百人计划”获得者11人。另有博士后和研究生约400余人。

LC‑MS/MS是一种广泛应用于精确鉴定和量化各种DNA化学修饰的技术。它是确定表观遗传DNA修饰的多样性和潜在生物学意义的有力工具。DNA化学修饰介导的生物过程一直是广泛研究的主题。哺乳动物体内最丰富的DNA修饰之一—5‑甲基胞嘧啶(5mC)在胚胎发育和生理过程中发挥着重要作用。此外，它还对各种疾病的基因表达产生深远影响。

本科技成果支持技术转让，服务等多种方式，有针对性进行指导转化