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本发明提供了鉴定大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号亲本的SRAP分子标记及其应用,属于水产杂交品种选育技术领域。本发明利用特异性引物对Me6/Em5可以在大口黑鲈美国北方亚种中扩增出一条长度约为800bp的特异性条带,而优鲈3号中不存在相应条带。这表明该特异性条带可以作为SRAP分子标记较为准确、快捷地区分出大口黑鲈美国北方亚种与大口黑鲈优鲈3号,且具有操作简便,检测结果准确可靠,对鱼头伤害小的特点。

本发明提供了一种用于鉴别大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号的检测试剂盒，包括所述SRAP分子标记中所述Me6/Em5引物对。优选的，所述试剂盒包括PCR扩增用试剂。优选的，所述试剂盒还包括大口黑鲈美国北方亚种扩增片段标准品和/或优鲈3号扩增片段标准品。优选的，所述大口黑鲈美国北方亚种扩增片段标准品包括长度为1000bp的DNA片段1、长度为800bp的DNA片段2和长度为750bp的DNA片段3。优选的，所述优鲈3号扩增片段标准品包括长度为1000bp的DNA片段4和长度为750bp的DNA片段5。发明提供了所述SRAP分子标记或所述检测试剂盒在鉴别大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号中的应用。

大口黑鲈可以称为我国的第五大家鱼，其肉质鲜美细嫩，无肌间剌，外形美观，深受消费者欢迎。据最新发布的《中国渔业统计年鉴2020》显示，2019年我国大口黑鲈产量达47.78万吨。从2014年至2019年，中国淡水鲈鱼的养殖产量逐年呈上升趋势，占淡水养殖总产量的比重从2014年的1.35％上升至2019年的1.88％。目前，我国仅有两个大口黑鲈新品种“优鲈1号”与“优鲈3号”，这些新品种虽然解决了大口黑鲈生长与食性问题，但是苗种质量与病害问题一直无法突破。

序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)是一种基于简单PCR的分子标记技术，它利用独特的正反引物设计，对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。与其它分子标记相比，SRAP标记设计引物简单，结果稳定可靠、重复性好、多态性高，具有成本低、适用性强的特点。2020年，我们从美国引进了大口黑鲈北方亚种原种。通过将大口黑鲈北方亚种原种与优鲈3号进行杂交，繁育的杂交F1大口黑鲈具有生长快，苗种成活率高，抗逆和抗病性强等特点，拥有很好地推广与养殖前景。在配对繁育前，北方亚种原种与优鲈3号能够通过腹部的形状进行简单区分。然而，一旦繁育结束，两亲本将难以直接区分开。

本发明在水产杂交品种选育技术领域有着广泛的应用前景。

发明人：强俊 华吉祥 许爱国 孙建国 徐跑 张红英 陶易凡 路思琦中国水产科学研究院淡水渔业研究中心系农业农村部（原农业部）所属综合性淡水渔业研究机构。前身为“太湖水产增殖科学实验基地”、“亚太地区综合养鱼研究和培训中心”，1978年建立于无锡。因单位撤并及隶属关系，先后有“国家水产总局长江水产研究所”、“中国水产科学研究院长江水产研究所”等多个称谓，1984年改为现称。“八五”以来一直位列“全国农业科研综合实力百强研究所”。2002年11月，被国家科技部、财政部和中编办确定为非营利性科研机构，进入国家科技创新体系。

本发明提供的用于鉴别大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号的SRAP分子标记，采用Me6/Em5引物对扩增得到；所述Me6的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；所述Em5的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明分别以大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号的基因组DNA为模板，对64对引物扩增特异性进行分析，Me6/Em5引物对能够扩增得到鉴别大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号的特异性序列，而其他引物对无法明显区分两种大口黑鲈群体。可见本发明提供的SRAP分子标记能够准确鉴别大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号。

本发明提供了一种基于SRAP分子标记鉴别大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号的方法。利用特异性引物对Me6/Em5可以在美国北方亚种的基因组DNA中在750～1000bp范围内扩增出一条长度约800bp的特异性条带，而优鲈3号中并未扩增到相应条带。以长度约800bp的特异性条带作为SRAP分子标记可以较为准确、快捷地区分出美国北方亚种与优鲈3号大口黑鲈。同时，只要选取少量尾鳍作为实验样本，对鱼体的损伤较小。

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