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本发明公开了一种判断图神经网络模型中子结构活性的方法及系统，该方法首先在图神经网络模型中匹配含有第一子结构的所有化合物的集合，提取在所述化合物中含有该第一子结构的第二子结构集合，然后利用所述图神经网络模型计算每个第二子结构的活性或毒性预测值，以及每个第二子结构掩蔽第一子结构的活性或毒性预测值；

计算第一子结构对于每个化合物的活性的贡献值；最后将所有贡献值的均值与阈值比较，判断所述第一子结构在所述图神经网络模型中是否为活性子结构；本发明在图神经网络模型中进一步探究结构‑活性关系，提供模型可解释性，深化领域理解，且计算结果准确可信，对推动图神经网络模型在化学、药物计算学等领域的应用有重要意义。

重庆大学（ChongqingUniversity，CQU），简称“重大”，是中华人民共和国教育部直属，由教育部、重庆市、国家国防科技工业局共建的全国重点大学，位列国家“双一流”、“211工程”、“985工程”，入选“珠峰计划”、“强基计划”、“高等学校创新能力提升计划”、“高等学校学科创新引智计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“卓越法律人才教育培养计划”、国家建设高水平大学公派研究生项目、中国政府奖学金来华留学生接收院校、教育部来华留学示范基地，为卓越大学联盟、中波大学联盟、一带一路高校联盟、“长江—伏尔加河”高校联盟、CDIO工程教育联盟、中国高等戏剧教育联盟成员单位、“国优计划”首批试点高校。