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青稞苗期耐旱性状的全基因组关联分析及候选基因的筛选

发布时间: 2023-10-11

来源: 试点城市(园区)

基本信息

合作方式: 合作开发
成果类型: 新技术
行业领域:
农、林、牧、渔业,农业
成果介绍
利用隶属函数和主成分分析相结合的方法,对青稞种质群体进行的耐旱性进行评价,筛选出6份苗期强耐旱种质;通过简化基因组测序技术对青稞种质自然群体进行SNP分子标记开发和群体结构分析,利用全基因组关联分析和转录组测序分析筛选出苗期耐旱候选基因26个。
成果亮点
1. 利用20% PEG-6000模拟干旱胁迫,对269份青稞种质幼苗进行干旱胁迫处理,利用隶属函数和主成分分析相结合的方法,计算出耐旱性度量值(D值)作为主要评价指标,筛选出6份强耐旱种质,并建立了青稞苗期耐旱性评价体系。 2. 通过简化基因组测序技术对269份青稞种质进行分子标记开发,过滤后共获得8,936,130个SNP标记,并利用SNP标记对群体结构进行分析,发现该群体可以分为6个亚群。 3. 对青稞苗期水分胁迫得到的13个测定值以及性状相对值,采取混合线性模型FaST-LMM和EMMAX进行全基因组关联分析,其中11个性状共定位137个显著关联的 SNP 位点,并筛选到215个相关基因。以苗期强耐旱种质“黑颖青稞(HY)”和苗期弱耐旱种质“湘0888(X)”为材料,利用转录组测序分析,对在模拟干旱胁迫96h前后的mRNA表达谱进行分析,共发现了4316个差异表达基因。利用GWAS和RNA-seq联合分析共筛选出26个差异表达基因。
团队介绍
青海大学农林科学院(青海省农林科学院) 。担负着青海高原农林业重大基础与应用基础研究、应用研究和示范推广的任务,致力于解决高原农林业及农村经济发展中基础性、方向性、全局性、关键性的重大科技问题,努力打造成为青海省农业科技服务创新基地和人才培养基地,支撑区域现代农业发展。
成果资料