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提供了一种真菌基因组测序数据自动分析方法及系统,包括:获取真菌基因组测序数据,判断测序数据类型;根据测序数据的类型分别进行相应预处理;将预处理后的测序数据进行组装,得到组装后的contigs;基于基因组序列对比对contigs的相似参考基因组进行初步筛选,获得候选参考基因组;利用MinHash数据结构从候选参考基因组中估算所述contigs的相似参考基因组,实现真菌基因组鉴定;并利用获得的相似参考基因组对所述contigs进行下游分析;实现真菌基因组测序数据的自动分析;所述方案基于序列比对和MinHash数据结构对真菌全基因组进行鉴定,可以在实现对真菌种类进行鉴定的同时,找到与真菌同源性最高的参考基因组,从而便于下游分析。

1.可以快速获得高质量的真菌测序数据。2.通过NCBI数据对比，可以获得准确的真菌物种鉴定。3.可以用于栽培管理和病虫害防治。

植保研究室病害课题组长期从事针对蔬菜根结线虫、枯萎病、病毒病等重大蔬菜病害的发生规律、致病机理、抗病基因发掘利用、生物防治、蔬菜抗病性鉴定及绿色防控技术等方面研究工作。相继主持国家973、863、科技支撑计划、国家重点研发计划重点专项、国家自然科学基金（重点、面上、青年）、公益性行业（农业）科技专项等项目30多项。在蔬菜根结线虫等病原物的效应子功能研究，番茄、辣椒及黄瓜的热稳定性抗线虫基因克隆，淡紫紫孢菌白灰质菌素合成机理，蔬菜抗病品种鉴定筛选，以及木霉菌、芽孢杆菌等生防菌应用技术创新等方面取得了一系列成果。近年来，病害课题组获得国家科技进步二等奖3项（参加），获部级成果1项，获国家授权发明专利28项，著作权20项，制定国家及农业行业标准35项，农业部主推技术3项。在New Phytologist等期刊发表论文170余篇，其中SCI 100余篇。团队成果对于保障我国蔬菜产业的可持续发展及蔬菜安全生产做出了重要贡献。