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一种gRNA、质粒与引物设计系统

发布时间: 2023-09-06

来源: 科技服务团

基本信息

合作方式： 技术服务
成果类型： 发明专利
行业领域：
物理
成果介绍
本发明公开了一种gRNA、质粒与引物设计系统，属于生物信息学领域。本发明结合基于gRNA在线设计软件CHOPCHOP的开源代码、python脚本和***，实现根据任意给定的基因组、载体针对靶点基因进行gRNA的设计、质粒及引物的设计，减少了对研究对象的限制，可以有效使用户对更多不同物种进行CRISPRi相关研究；本发明实现对单个或多个靶点基因进行批量的CRISPRi设计并直接输出包含gRNA和载体的完整质粒图谱，方便后续克隆构建时的测序数据比对以及追溯。本发明的系统实现了快速、一站式提供下游湿实验所需要的全部引物和质粒图谱，有效降低科研人员的工作效率，节约时间、经济成本。
成果亮点
一种gRNA、质粒与引物设计系统，其特征在于，包括基因组新增和预处理模块、gRNA设计和评估模块、引物设计模块以及质粒图谱处理模块： (1)所述基因组新增和预处理模块，用于基因组的上传，并给新增的基因组构建index； (2)所述gRNA设计和评估模块，用于对基因组的靶点基因进行gRNA序列的设计、筛选，并分析对影响质粒构建和工作效率的因素； (3)所述引物设计模块，用于设计扩增含有overlap的gRNA的片段所用的引物序列以及扩增线性化载体片段的引物； (4)所述质粒图谱处理模块，用于绘制完整的注释有gRNA、引物信息的质粒图谱。
团队介绍
中国科学院深圳先进技术研究院提升了粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力，推动我国自主知识产权新工业的建立，成为国际一流的工业研究院。 深圳先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由九个研究平台，国科大深圳先进技术学院，多个特色产业育成基地、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构等组成。开展先进技术研究，促进科技发展。信息、电子、通讯技术研究新材料、新能源技术研究高性能计算、自动化、精密机械研究生物医学与医疗仪器研究相关学历教育、博士后培养与学术交流。
成果资料
产业化落地方案
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