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双向多步deBruijn图的压缩存储和构造方法

发布时间: 2023-07-11

来源: 科技服务团

基本信息

合作方式: 技术服务
成果类型: 发明专利
行业领域:
电子信息技术
成果介绍
本发明涉及一种双向多步deBruijn图的压缩存储和构造方法,包括压缩存储步骤,和deBruijn图构造步骤。本发明提供的双向多步deBruijn图的压缩存储和构造方法,(1)结合DNA序列互补双螺旋结构的特点,对de Bruijn图结构进行结构优化,使用双向多步de Bruijn图,可以将需要存储的图的节点减半;(2)针对序列组装的原始de Bruijn图规模异常庞大,对内存造成存储压力等问题,使用双向多步de Bruijn图的压缩存储技术,使得存储双向多步de Bruijn图的内存消耗控制在参考序列大小的100倍以内;(3)构造双向多步de Bruijn图,可将DNA序列组装问题分解为边融合子问题,更适合并行计算
成果亮点
一种双向多步deBruijn图的压缩存储和构造方法,其特征在于,包括压缩存储步骤,具体为S11、读取一个序列s;S12、将序列s用滑动窗口切割为多个片段t;S13、对每个片段t,使用核酸编码表进行编码,并表示为一个64位的整数a;S14、将片段t进行反转,使用对称互补表将反转的片段互补处理,得到互补片段v,并再次使用步骤S13中的核酸编码表将互补片段进行编码,并表示为一个64位的整数b;S15、取整数a和整数b的最大数,作为片段t和互补片段v的k分子的标志数;S16、重复步骤S11‑S15,直至所有序列完成;和deBruijn图构造步骤,具体为S21、读取一个序列s;S22、将序列s用滑动窗口切割为多个片段t,选取一片段t其标志数为cur、并标记其前、后的片段的标志数分别为pre、lat
团队介绍
中国科学院深圳先进技术研究院提升了粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力,推动我国自主知识产权新工业的建立,成为国际一流的工业研究院。 深圳先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统,由九个研究平台,国科大深圳先进技术学院,多个特色产业育成基地、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构等组成。开展先进技术研究,促进科技发展。信息、电子、通讯技术研究新材料、新能源技术研究高性能计算、自动化、精密机械研究生物医学与医疗仪器研究相关学历教育、博士后培养与学术交流。
成果资料
产业化落地方案
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