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一种MTX耐药肿瘤细胞的高置信断裂点筛选方法

发布时间: 2023-03-09

来源: 科技服务团

基本信息

合作方式: 技术转让
成果类型: 发明专利
行业领域:
生物与新医药技术
成果介绍
基因组结构变异指的是染色体结构的异常,是基因组变异的一种重要类型。SV可以促进人类基因组的进化和各种疾病的发生,并且SV在不同类型的癌症中也非常普遍。同时,高频率复发的体细胞SV也是药物靶向的理想选择。通过分析研究人类SV可以确定与疾病相关联的基因、断裂重组热点、亲缘倾向及突变机制,揭示形成SV的关键因素及遗传疾病的关键基因。 二代测序可以从基因组随机片段拷贝中平行地对大量的短DNA链进行测序,并且具有通量高、成本低、耗时少、速度快、劳动强度低等特点。当NGS应用于整个人类基因组时,称为全基因组测序。由于WGS能够在全基因组范围内为SV的发现提供多维信息,因此WGS已成为近年来研究SV的主要手段。
成果亮点
但是,利用WGS来研究SV时,真正限制的是基于WGS数据的SV检测程序,比如不同的软件调取SV断裂点是有优劣趋势的,WGS运行生成的数十亿个短读取数对SV的检测提出了独特的挑战,并且需要复杂的计算方法才能准确识别SV事件并描绘其断裂点。目前已经开发出许多用于NGS数据的SV检测程序,每个SV调用者都有自己的优点和缺点,受测序平台和比对工具的影响,SV检测的准确性取决于不同SV类型的NGS诊断特征的可用性。不同的比对工具或同一工具的不同参数设置将导致不同的比对结果,这将直接影响SV检测的性能。因此,复杂的计算方法对于从WGS数据中准确检测SV至关重要,所以亟需一种MTX耐药肿瘤细胞的高置信断裂点筛选方法来改变这一现状。
团队介绍
哈尔滨医科大学坐落在北国冰城哈尔滨,是一所历史文化底蕴深厚的医学高等学府,由我国现代医学先驱伍连德博士于1926年创办的滨江医学专门学校(1938年更名为哈尔滨医科大学)和前身为中国共产党于1931年在江西瑞金创建的中国工农红军军医学校原兴山(现鹤岗市)中国医科大学第一、二分校组建而成。学校历经97年的发展建设,传承伍连德博士“赤诚爱国、自强创业”的精神,发扬中国工农红军军医学校“政治坚定、技术优良”的光荣传统,秉承“木直中绳、博学载医”的校训,综合实力不断增强,具有相当的发展规模和鲜明的办学特色。学校是部委省共建大学、黑龙江省国内一流大学建设高校、中俄医科大学联盟中方牵头单位、国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、教育部首批试办七年制高等医学教育院校、教育部高水平公共卫生学院建设高校。
成果资料
产业化落地方案
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成果综合评价报告

评价单位:“科创中国”黑龙江科技服务团 (黑龙江省科学技术协会) 评价时间:2023-11-10

乔钢

哈尔滨工程大学

院长

综合评价

技术前景广阔,具备技术成果转移转化要求。
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评价单位:“科创中国”黑龙江科技服务团 (黑龙江省科学技术协会) 评价时间:2023-03-13

黄剑华

哈尔滨工业大学

教授

综合评价

本实施例中,Sanger测序验证的实施方式为取新的1.5ml Eppendorf管,称量空管重量,在紫外灯下用干净锋利的刀片切下琼脂糖凝胶电泳后的目的DNA条带,移入新的1.5ml Eppendorf管中,称量后减去空管质量即获得凝胶的净重,按照每100mg凝胶加入300μl QG Buffer进行换算,分别在管内加入相应体积的QG Buffer,50℃水浴10分钟,每2~3分钟涡旋溶液一次,直至凝胶完全溶解,将完全溶解的溶液转移至过滤柱内,由于柱内的最大体积为700μl,因此需要进行多次转移,室温下13000转/分离心1分钟,弃废液,再次加入500μl QG Buffer,室温下13000转/分离心1分钟,加入750μl PE Buffer,室温静置5分钟,室温下13000转/分离心1分钟,将柱子转移至新的1.5ml Eppendorf管中,加入50μl EBBuffer,室温静置4分钟,室温下13000转/分离心1分钟,此时离心管内液体即为洗脱下来的DNA。
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