基于随机森林预测α跨膜蛋白的螺旋相互作用关系的方法

发布时间: 2022-11-28

来源: 科技服务团

基本信息

合作方式：技术服务

成果类型：发明专利

行业领域：

生物产业

成果介绍

本发明适用于生物计算领域，提供了一种基于随机森林预测α跨膜蛋白的螺旋相互作用关系的方法。该方法包括下述步骤：收集具有确定三维结构的α跨膜蛋白链构建训练集；基于所述的训练集，分别提取所述α跨膜蛋白链中螺旋上相互作用的残基对和非相互作用的残基对特征信息，使用随机森林算法构建预测模型；收集用于测试的、具有确定一级结构的目标α跨膜蛋白，提取其α螺旋中的残基对特征信息，基于所述预测模型进行预测；根据预测结果判断所述目标α跨膜蛋白中的螺旋对是否存在相互作用的残基对。该方法不仅计算速度快，且准确率高。

成果亮点

一种基于随机森林预测α跨膜蛋白的螺旋相互作用关系的方法，包括下述步骤：收集具有确定三维结构的α跨膜蛋白链构建训练集；基于所述的训练集，分别提取所述α跨膜蛋白链中螺旋上相互作用的残基对和非相互作用的残基对特征信息，使用随机森林算法构建预测模型；收集用于测试的、具有确定一级结构的目标α跨膜蛋白，提取其α螺旋中的残基对特征信息，基于所述预测模型进行预测；根据预测结果判断所述目标α跨膜蛋白中的螺旋是否存在相互作用的残基对，所述相互作用的残基对的定义如下：将位于跨膜蛋白α螺旋上的CA-CA原子距离对作为界定残基对相互作用关系的标准

团队介绍

中国科学院深圳先进技术研究院提升了粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力，推动我国自主知识产权新工业的建立，成为国际一流的工业研究院。深圳先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由九个研究平台，国科大深圳先进技术学院，多个特色产业育成基地、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构等组成。开展先进技术研究，促进科技发展。信息、电子、通讯技术研究新材料、新能源技术研究高性能计算、自动化、精密机械研究生物医学与医疗仪器研究相关学历教育、博士后培养与学术交流。

成果资料

产业化落地方案

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成果综合评价报告

评价单位：- (-) 评价时间：2023-01-05

吴正斌

天津中科先进技术产业有限公司

总经理

综合评价

这个企业已经有一定的基础，建议与相关学会组织搭建平台，请学会以及研究所、大学和相关企业参与，可能会攻克难关，会对我们国家甚至世界所存在问题提出解决的措施并做出贡献，前途可期。

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