本发明涉及一种脂肪酸酯、甘油及植物粗蛋白的生产工艺,尤其涉及一种由含油植物种籽为原料联产脂肪酸酯、甘油及植物粗蛋白的工艺。其步骤主要包括碾磨、萃取、过滤、洗涤、反应、产品分离及溶剂的回收,其特征是:(1)由两种不互溶的溶剂同时或顺序处理油籽,其中一个是由低碳烷烃组成的非极性溶剂,另一个是由含水的低碳醇组成的极性溶剂;(2)溶解了植物油的非极性相作为反应原料进入酯交换反应步骤;(3)酯交换反应产物之一脂肪酸酯溶解在非极性相中,精制脂肪酸酯需要脱除的主要是低碳烷烃。本发明综合生产成本降低值可达到10-20%。