本发明公开了一种菌剂喷雾干燥保护剂及其应用。本发明使用的喷雾干燥保护剂中的主要成分为处理过的豆渣。将新鲜豆渣经过烘干、研磨与过筛后加入发酵液中混合均匀,进行喷雾干燥。本发明使用的微生物包括地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis),保藏号CGMCC ***;枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),保藏号CGMCC ***;丁酸梭菌(Clostridium butyricum),保藏号CGMCC ***。使用处理过的豆渣作为喷雾干燥保护剂能提高菌剂的活菌数,且豆渣的利用可以减少废弃物的排放,保护环境,变废为宝,降低成本。