本发明公开了一种利用固定化酶微反应器连续水解秸秆中纤维二糖的方法,其特征在于,将葡萄糖苷酶固定在微反应器中,将底物纤维二糖水溶液注入到微反应器中进行反应,使纤维二糖溶液降解为葡萄糖;其中,微反应器中,固定酶的载体为石英毛细管,固定酶所用的偶联剂为巯基丙基三甲氧基硅烷的甲苯溶液。本发明选择利用微反应器酶解秸秆中的纤维二糖生成单糖,用酶量少,反应效率大大提高,耗能减少;同时,通过改变操作条件控制,可显著提高纤维二糖的水解率,处理秸秆的能力大大提高。本发明的装置为毛细管空管,结构简单,并且只需简单的将数目放大即可等比例的扩大生产能力,具有良好的工业化前景。