本发明提供类胡萝卜素高产菌株及其应用,涉及微生物发酵及其代谢产物领域。所述类胡萝卜素高产菌株,为乌鲁木齐奇异球菌(Deinococcuswulumuqiensis)R12M,保藏登记号为CCTCCNo:M2014099。本发明还提供所述菌株在制备类胡萝卜素方面的应用。本发明乌鲁木齐奇异球菌(Deinococcuswulumuqiensis)R12M具有比菌株Deinococcuswulumuqiensis***.以及DeinococcusradioduransDSM20539T更强的耐辐射性能和产类胡萝卜素性能,可用于天然色素及天然抗氧化剂的生产。