本发明公开了一种利用枯草芽孢杆菌工程菌高产D?核糖的方法。本发明基于D?核糖生产菌株SFR?4和菌株SFA?H43基因组的高度同源性,采用同源重组的方法将菌株SFR?4转酮酶基因突变序列转入野生菌株SFA?43中,替换该菌株转酮酶基因,获得一株转酮酶变异序列的工程菌株SFR?43T;工程菌株SFR?43T既保持了菌株SFA?43的优良发酵性能(抗逆性好、耗糖速度快),同时可以积累D?核糖。通过控制初始糖浓度和发酵过程流加葡萄糖酸内酯工艺,可以大幅提高工程菌株D?核糖产率和转化率,控制3?羟基丁酮的积累。