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本发明公开了木瓜药材中天然抗氧化剂在线发现及综合抗氧化活性评价方法，首先测定不同批次木瓜提取液的抗氧化活性；之后采用HPLC?ESI?TOF/MS测量并确定木瓜中含有的化学成分；然后再采用HPLC?DPPH在线筛选方法筛选出木瓜中具有抗氧化活性的化学成分，并测定部分活性成分的IC50值；通过对多批次木瓜样品的HPLC分析建立其抗氧化活性指纹图谱，采用指纹图谱相似度分析用于不同品种木瓜的抗氧化活性评价；再选取多个抗氧化活性成分进行含量测定；即：通过木瓜提取液的抗氧化能力初步鉴定木瓜抗氧化活性品质，通过抗氧化性指纹图谱相似度分析初步鉴定不同品种木瓜之间的品质差异，通过多个抗氧化活性成分的含量分析，从而对木瓜药材的抗氧化性进行综合评价。