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本发明方法适用于羊栖菜种质资源分析、人工养殖羊栖菜群体品系分类、良种与原种近源亲缘关系分析及人工利用羊栖菜有性繁殖种菜筛选等方面。本发明操作步骤主要包括：羊栖菜生活史特征、羊栖菜成熟孢子体形态特征主要成分的形态测量、羊栖菜成熟孢子体形态特征相关性数学模型分析、羊栖菜成熟孢子体形态特征主成分数学模型分析、羊栖菜成熟孢子体形态特征主成分聚类数学模型分析和羊栖菜成熟孢子体品系鉴别和分类判定等。本发明专利可为羊栖菜种质资源调查，羊栖菜成熟孢子体群体多样性分析，羊栖菜基础科学研究试验样本筛选，羊栖菜引种形态特征稳定性分析，人工利用羊栖菜有性繁殖良种鉴别与筛选及无性繁殖优良植株假根保存等方面提供科学的鉴别和分类方法。