本发明公开了一种羊栖菜品质育种方法,包括1)选择成熟的羊栖菜藻体作为种菜,测定种菜的品质成分,选择品质成分符合以下要求的种菜进行育苗:以干重计,种菜的多糖含量≥40%,其中岩藻糖、古罗糖醛酸、甘露糖醛酸所占比例之和≥羊栖菜多糖含量的80%;2)收集符合品质要求的种菜后,去除种菜的下部藻体,保留中上部藻体,雌雄各1株成对分别投放到育苗池中培养5~8天,精、卵释放并受精形成幼胚,收集幼胚。该羊栖菜品质育种方法可以显著提高羊栖菜的育种效果,通过该方法育种得到的羊栖菜品质比较整齐,选育效果良好,可随机选择种菜用于繁殖,而且种菜的繁殖品质稳定。