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一种戊二醛改性壳聚糖树脂吸附分离紫薯花青素的方法，包括：以低粘度壳聚糖为基本原料，在环己烷、正己醇、Triton x100的微乳环境体系下加入戊二醛改性反应后获得壳聚糖树脂；将鲜紫薯清洗后破碎，压榨，酶解，调节pH至3～5，向紫薯汁中添加壳聚糖树脂材料，完成紫薯汁中的花青素的吸附；对吸附有花青素的壳聚糖树脂进行花青素解吸附；将紫薯花青素洗脱液进行真空浓缩、冷冻干燥得紫薯花青素冻干粉。本发明的方法，工艺简单，生产成本低，制得的树脂材料对紫薯花青素吸附量大，解吸容易，再生简便，且可以重复使用，适于在工厂进行规模化产。所制备的紫薯花青素品质优良，可广泛应用于保健品、食品行业中作为抗氧化剂、天然色素及营养强化剂等。