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本发明公开了一株微杆菌及其在转化芦苇秸秆水解物制备微生物絮凝剂中的应用，该微杆菌分类命名为解单端孢菌素微杆菌Microbacterium trichothecenolyticum BWL1091，保藏编号为CGMCC ***。制备微生物絮凝剂的步骤是：将菌株接种于种子液培养基中，37℃摇床培养制备种子液；将种子液按1％比例转接至以650mL/L芦苇秸秆水解物为唯一碳源的发酵培养基中，30℃恒温摇床培养；发酵液离心，收集上清液用作液体微生物絮凝剂；向液体微生物絮凝剂中加入2倍体积预冷的无水乙醇，离心收集沉淀物，冷冻干燥得到固体微生物絮凝剂。本发明的微杆菌可以耐受高浓度的芦苇秸秆水解物，同时可以利用芦苇秸秆水解物中丰富的还原糖作为唯一碳源发酵生产微生物絮凝剂，产量最高可以达到***，生产工艺简单，成本低。