本技术针对引起设施栽培连作障碍的土传病害加重、土壤微生物种群与比例失调、土壤养分不平衡、根系自毒物质积累等问题,选取受连作危害严重的黄瓜为研究对象,通过分阶段在农家肥中施入发酵菌剂改良了有机肥高温、常温一次、二次发酵工艺,研制出了益生菌群数量高、微生物多样性丰富的生物有机肥;通过添加生物有机肥、常温晾棚、高温闷棚和闷棚后补充菌肥等措施,充分利用微生物拮抗病原菌、分解化感物质、促进根系生长以及太阳能高温杀菌的协同作用,降低了土传病害的发生,提升了设施蔬菜的产量和品质,集成了设施黄瓜连作障碍生物防治技术。