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本发明公开了诱导根系生长的包膜肥料及其制备方法与应用，涉及肥料工业领域。该包膜肥料包括肥芯和包膜层，肥芯包含有机质、复合氨基酸、腐植酸类物质、大量元素、中量元素、微量元素和无机调理剂；包膜层包含粘结剂、包膜剂、根系诱导剂、海藻酸盐溶液和钙离子溶液。通过将组成肥芯的原料粉碎、混合后，再进行压片形成颗粒肥料，先后往颗粒肥料上喷洒粘结剂、混有根系诱导剂的包膜剂、海藻酸盐溶液和钙离子溶液形成包膜层，干燥后得到诱导根系生长的包膜肥料。本发明一方面由于根系诱导剂的加入，能诱导根系在肥料周围迅速生长，从而提高肥料利用率；同时肥芯采用物理方式挤压粘合，其缓释效果保证了肥料的高效利用。