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本发明公开了一种海藻氨基酸复合液体肥及其制备方法与应用，属于肥料工业领域。海藻氨基酸复合液体肥的制备包括如下步骤：（1）海藻酸盐降解：在催化剂和双氧水存在的条件下，将海藻酸盐降解为海藻酸溶液；（2）氨基酸一次螯合：将动物毛发加入到盐酸、硫酸、磷酸组成的混合酸中酸解，并与中和剂在螯合剂存在的情况下进行一次螯合，得到氨基酸溶液；（3）二次螯合：将海藻酸溶液与氨基酸溶液混合反应，再加入腐植酸盐、大量元素、微量元素进行二次螯合，最后加入肥料增效剂得到海藻氨基酸复合液体肥。本发明制备的海藻氨基酸复合液体肥更容易被作物吸收，生理活性更强，增加作物的产量，提高作物品质，降低重金属对人类的危害。