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本发明公开一种基于SDN的DCQCN数据传输系统及传输方法，数据传输系统包括若干SDN控制器、主机侧系统、智能网卡；其中，SDN控制器用于提供NETCONF协议服务，通过NETCONF协议承载智能网卡信息的上送和下发功能；智能网卡用于收集数据信息，对VxLAN信息进行设置，封装VxLAN信息，将包含CNP报文的VxLAN信息发送给源IP和目的IP；主机侧系统和SDN控制器建立NETCONF链接，获取本主机侧以及数据中心其他的智能网卡映射信息，对本主机侧智能网卡信息进行设置。本发明提出了基于SDN的控制转发分离的思想，保证关键控制报文能及时送到发送方，其次，控制通道也可以减少CNP报文转发的跳数，从而进一步缩短CNP报文从发送端到接收端时间，更加及时的做出降速响应。