本发明公开了一种与小麦千粒重和茎秆可溶性糖含量相关的分子标记***及其应用。本发明提供一种鉴定或辅助鉴定待测小麦性状的方法,包括如下步骤:检测待测小麦群体基因组的E位点和F位点的基因型,根据E位点和F位点的基因型确定待测小麦性状如下:E位点的基因型为C/C且F位点的基因型为G/G的小麦群体千粒重大于E位点的基因型为T/T且F位点的基因型为C/C的小麦群体千粒重;实验证明,通过检测所述的两个SNP,即可找到千粒重较高、株高较矮的小麦。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法,在培育高产矮杆小麦品种或研究中具有重要意义。