本发明提供了一种从芽孢杆菌发酵液中快速定量检测芽孢体和营养体的方法。包括芽孢萌发、营养体细胞NADH的提取及其荧光检测。将营养体细胞离心得菌体,经提取NADH并测定荧光强度;然后将芽孢细胞经过萌发剂萌发,在细胞不显著增殖的前提下在细菌培养液混合***得到由芽孢转化成的营养体细胞,检测细胞NADH含量,最后通过增加的NADH含量计算出芽孢的浓度。本发明可适用于基于芽孢杆菌纯培养的发酵体系,尤其是以芽孢杆菌作为发酵剂生产微生态制剂,能实现发酵过程监控或者终端产品的快速、灵敏测定。亦可用于食品、环境中的芽孢数量的定量检测。